Studia trzeciego stopnia (doktoranckie) na Uniwersytecie Szczecińskim prowadzone są na podstawie przepisów Ustawy Prawo o szkolnictwie wyższym z dnia 27 lipca 2005 roku z późn.  zm., Ustawy o stopniach naukowych i tytule naukowym oraz o stopniach i tytule w zakresie sztuki z dnia 14 marca 2003 roku z późn. zm. oraz Rozporządzenia Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego z dnia 13 kwietnia 2016  r. w sprawie studiów doktoranckich oraz stypendiów doktoranckich.

W roku akademickim 2016/2017 studia prowadzone są na dziewięciu wydziałach Uniwersytetu Szczecińskiego w szesnastu dyscyplinach,  zarówno w formie stacjonarnej jak i niestacjonarnej.